SeaMonkey, Thunderbird. Выставляют значок в трейбар при обнаружении нечитанной почты. Да наверно ж и остальные программы умеют делать это. Это я об их работе в виндах. В иксах не помню, т.к. в основном-то использую консольный PINE, пока не получу нечитаемые в консоли форматы. А в чём проблема? Или это не сильно простые программы?

PS. Хотя если для иксов, то там издревле водились всякие простые оповещалки, сейчас названия уж не припомню. Но если пройтись бегло по аплетам для kde plasma-desktop, то там можно эдак с десяток простых уведомлялок надыбать.